С 1921 г мощи св. препмучч. Вел. Княгини Елисаветы  и инокини Варвары хранятся в  Гефсиманском саду в храме-памятнике  в честь св. Марии Магдалины. 

Став учредительницей и настоятельницей Марфо-Марьинской обители в Москве Великая Княгиня Елисавета Федоровна приготовила себе усыпальницу под сводами Покровского храма. Но кто мог предположить, что грянет революция и вся страна, все вековые устои будут попраны страшным безбожием, что мощи убиенных святых нужно будет спасать от дальнейшего поругания, и что, проделав длинный и долгий путь, они прибудут туда, где некогда молодая Княгиня произнесла ставшими пророческими слова: «Как бы я хотела быть здесь похороненной». Именно сюда, в Русскую Гефсиманию, в святой Христов вертоград изволил Господь прибыть святым останкам двух Новомучениц, насадив их посреде сада как две благоуханные лилии. И вскоре по их молитвенному ходатайству на этом месте появилась новая женская обитель. Святая Княгиня, таким образом, устроила на земле две святые обители – одну в Москве при жизни, а другую во Святом Граде Иерусалиме – уже с небес. Став покровительницею Святой Гефсимании вместе с равноапостольной Марией Магдалиной и Императрицей Марией Александровной, в память которой и был построен этот храм. В страшные годы советского безбожия и гонений, здесь на Святой Земле, как некое чудо, росла и развивалась Гефсиманская обитель, храня в себе великий дар – многоцелебные мощи святых мучениц.  

С падением советской власти в России и с началом возрождения духовной жизни пробудилась и восстала от глубокого сна Марфо-Марьинская обитель. Естественное желание ее насельниц иметь мощи своей основательницы. Велись переговоры обеих сторон на самом высоком уровне. Соглашение было достигнуто  Святейшим Патриархом Алексием и Высокопреосвященнейшим Митрополитом Лавром сразу после подписания Акта о каноническом общении двух ветвей Русской Православной Церкви. На заседании Архиерейского Синода Русской Зарубежной Церкви было вынесено  решение отделить часть мощей святых Елисаветы и Варвары и передать в Марфо-Марьинскую обитель.

Прошло ровно  два года, прежде чем это произошло. 

На праздник Вознесения Господня прибыл Высокопреосвященнейший Архиепископ Берлинский и Германский Марк и 29 мая вечером после богослужения при участии Начальника Русской Духовной Миссии архимандрита Иоасафа, в присутствии игумении монастыря Елисаветы и некоторых сестер, а также г-жи Н.А. Молибоги – настоятельницы Марфо-Марьинской обители  были открыты раки и с благоговением в молитвенной обстановке, как того и требует подобное священнодействие, были взяты две плечевые кости и вставлены в специально приготовленные кипарисовые ковчеги с воскомастикой. Ковчеги внесли в алтарь и положили на престол. Предполагалось, что через какое-то время их передадут в Москву. И вот это произошло. 12 июня по благословению Святейшего Патриарха Московского Кирилла в Иерусалим прибыли уполномоченные люди для перенесения мощей. Ими были Преосвященный Епископ Женевский и Западно-Европейский Михаил Женевский со стороны Русской Зарубежной Церкви и  г-жа Е.В. Анисимова – ктитор Марфо-Марьинской обители со стороны Московского Патриархата. В храме был отслужен молебен при участии всех сестер обители.  

Владыка Михаил взял ковчеги с частицами мощей, и все присутствовавши проводили их с пением до ворот монастыря. При этом событии также были Начальник Русской Духовной Миссии Зарубежной Церкви архимандрит Иоасаф и Начальник Русской Духовной Миссии архимандрит Исидор. 

Так совершилась  передача мощей, которые будут помещены в приготовленную раку в Москве, наподобие раки св. благоверного князя  Даниила Московского. Мощи святого  князя были утеряны, и осталась лишь небольшая их часть. И вот была сделана рака во весь рост с изображением святого и на груди у него была помещена частица мощей. То же самое предполагается сделать и в Марфо-Марьинской обители. Это событие историческое. Великая Княгиня по праву должна лежать своими мощами в двух своих обителях. И это совершилось. Мы должны искать и находить пути к хранению и укреплению мира между православными. И святыни будут помогать нам в этом – они суть всеобщее достояние. Скорбно наблюдать, как быстро люди верят клевете, распространяющейся в интернете, буквально попадая в его сети.  Не будем забывать, что над всеми нами Бог и Его Промысл. Дивен Бог во святых Своих. Святые оставили нам пример для подражания – любовь ко всем и молитва за всех. Последуем же им, дабы и нам не лишиться Царствия Небесного.